Shakira byla vychována v duchu Římskokatolické církve. Momentálně žije na Bahamách. V roce 2000 začal její vztah s Antoniem de la Rúa, synem bývalého argentinského prezidenta. Ten jí o rok později, v roce 2001, požádal o ruku. Během následujících let přinesla média mnoho informací o jejich svatbě či rozchodu, všechny se však nakonec ukázaly jako nepravdivé. V červnu 2007 byla média o jejich rozchodu definitivně přesvědčena, Shakira a Antonio se však vzápětí ukázali společně v New Yorské restauraci, aby tyto spekulace vyvrátili. Matka Shakiřina snoubence Inés Pertiné médiím prozradila, že se v září 2007 bude v sídle které Shakira vlastní v Dominikánské republice konat svatba. Řekla také, že si celosvětově populární zpěvačka již objednala šaty od slavné argentinské návrhářky Maríi Pryor. Shakira však vše vzápětí popřela.

Antonio a Shakira tedy zůstávají stále zasnoubeni. Podle zpěvačky jejich vztah již teď funguje jako manželství a není třeba ho potvrzovat jakýmkoliv papírem.

Shakira se zajímá, mimo jiné, i o světovou historii a pravidelně studuje dějiny a jazyk zemí, které navštíví. Po turné v létě 2007 se zúčastnila několika přednášek o historii západní civilizace na vysoké škole v Los Angeles. Použila své prostřední jméno a příjmení, Isabel Mebarak, aby nepřitahovala pozornost médií.